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1. 탐색 : 카스9 핵산분해효소와 가이드 RNA가 결합하여 리보핵단백질 복합체가 형성된다. 가이드 RNA는 크리스퍼 RNAcrRNA와 tracrRNA로 구성된다. 카스 9 복합체는 DNA에서 팸(PAM) 염기서열을 찾는다. 팸 서열이 나타나면 찾고 있던 염기서열이 맞는지 점검한다.
2. 결합 : 카스 9 효소가 DNA와 결합하고 이중나선 구조를 해체하면 crRNA가 단일 가닥이 된 DNA와 나란히 정렬된다.
3. 절단 : 찾고 있던 DNA와 정확히 일치하는 것으로 확인되면 카스9 효소의 형태가 바뀌고, DNA 양쪽 가닥도 그에 따라 위치가 바뀌면서 절단된다.
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